孔令辉2006年正式宣布退役，任中国女子乒乓球队教练。2013年正式担任中国女子乒乓球队主教练。2017年5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作，立即回国接受进一步调查和处理。
当年的5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作，立即回国接受进一步调查和处理。临阵换将乃兵家大忌，如此紧急召回，甚至不让他执导完世乒赛再回国，连“戴罪立功”的机会都不给，可见事情的严重性。
孔令辉虽然告别了国乒教练的位置，但是职业生涯取得的成绩是公认的，为此在2015年时，孔令辉和刘国梁受邀担任了中国乒乓球学院的客座教授，也是仅有的两位客座教授，不过孔令辉在担任客座教授之后，却至今未现身学校授课，此后被罢免主帅之后，依然是该校的客座教授，并未被取消。
