孔融是被曹操杀害的。对于孔融，曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以招合徒众”，欲图不轨”、谤讪朝廷”、不遵超仪”等罪名，于建安十三年八月二十九日（208年9月26日）将孔融处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。之前，京兆人脂习，与孔融相好，曾劝诫孔融性格太过刚直。等到孔融被害时，许昌没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：文举丢下我死了，我也不再活了。”曹操听说大怒，准备收捕脂习杀害，后来逢赦免才被释放出来。
孔融性格豪放不羁，经常做出一些蔑视礼教、离经叛道的事。他内心对大汉王朝非常忠诚，对曹操的专横跋扈非常反感。曹操攻下邺城，曹丕将袁熙的妻子甄氏抢来做了自己的老婆。孔融知道这件事后，专门给曹操写了一封信，说当年周武王伐纣的时候肯定将妲己抢来赐给了自己的儿子周公。曹操没有反应过来，还以为孔融说的是一个什么典故，询问孔融。孔融轻松地回答说：“拿今天的事情看来，当初也应该是这样的！”把曹操气得半死。那时粮食供应紧张，为了节省粮食，曹操下了禁酒令，不让喝酒。孔融最爱喝酒，便又给曹操写了一封信，大谈酒的好处，公然与曹操顶牛，曹操对孔融更加气愤。
孔融有天下重名，曹操害怕孔融的言论会危及自己的统治，便决定置孔融于死地。
