学校分为三个校区，分别是位于雅安市的校本部校区、位于都江堰市的都江堰校区和位于成都温江的研究生院校区，占地总面积约4500亩。
雅安的校本部校区与雅安市区共生，占地面积几乎相当于三分之一个雅安市区。学校大部分本科专业和研究生专业的都在这里进行教学工作新校区。
四川农业大学都江堰校区是在深化高等教育体制改革的形势下,经四川省人民政府批准，于2001年4月由四川省林业学校并入四川农业大学后成立的。总占地面积1600余亩，校园占地280余亩，教学生活设施齐全配套，学科门类较为齐全，办学成效显著，先后获得四川省“先进单位”、省级“文明单位”和“园林式单位”等荣誉称号。
温江研究生院校区位于成温邛高速公路温江收费站侧。
校本部：农学院 动物科技学院 动物医学院 林学院 园艺学院 资源环境学院 经济管理学院 信息与工程技术学院 食品学院 政治与法学学院 语言学院 艺术与体育学院 生命科学与理学院 远程与继续教育学院
都江堰校区:城乡建设学院 旅游学院 商学院
成都科学研究院:动物营养研究所 水稻研究所 小麦研究所 玉米研究所 园林研究所 网络中心 未来农业与人类健康研究中心 四川省农村发展研究中心
四川农业大学本科专业：
农学 经济学 国际经济与贸易 金融学 法 学 社会工作 教育技术学 社会体育 英语 文学 广告学 信息与计算科学 理学 化学生物学 生物科学 生物技术 动植物检疫 资源环境与城乡规划管理 地理信息系统 环境科学（新增） 生态学 计算机科学与技术 生物医学工程 （该专业2019年起停止了招生） 城市规划（新增） 土木工程 环境工程 制药工程 食品科学与工程 食品质量与安全 生物工程 农业生产机械化及其自动化 农业电气化与自动化 农业建筑环境与能源工程 农业水利工程 木材科学与工程 园艺 植物保护 茶学 植物科学与技术 种子科学与工程（新增） 草业科学 林学 森林资源保护与游憩 野生动物与自然保护区管理 园林 水土保持与荒漠化防治 农业资源与环境 动物科学 动物医学 水产养殖 药学 医学 药物制剂 中草药栽培与鉴定 信息管理与信息系统 管理学 工商管理 市场营销 财务管理 人力资源管理 旅游管理 电子商务 土地资源管理 农林经济管理 农村区域发展。一共58个专业。
