九寨沟山地切割较深，高低悬殊，植物垂直带谱明显，植被类型多样，植物区系成分十分丰富。九寨沟的森林有近20000公顷，密布在2000米至4000米的高山上。主要树种有红松、云杉、冷杉、赤桦、领春木和连香树等。
区内有高等植物2576种，其中国家保护植物24种低等植物400余种，其中藻类植物212种，而且有40种植物属四川省首次发现的特别物种，为九寨沟独有。
