三公、九卿、列卿有自己的寺庙，处理日常事务。重要的事情都集中在宰相身上，或者最后请皇帝作出裁决。他们由皇帝任免，不能继承；分工明确，行政效率高；首相地位高，分量大；建立了新的比较完整的官僚体制。
秦始皇“三王九臣”制度的确立，为封建专制主义中央集权国家制度的建立创造了雏形，对后世封建王朝的建立产生了重要影响。
三公九卿制的基本结构从秦朝到金朝，一直到隋朝文帝创建三省六司。从三省六部制的结构来看，也有三公九大臣制的影子。从那时起，直到明朝，明朝的开国者朱元璋才废除了中蜀省、尚书省和门峡省，六个部门直接对皇帝负责。中国古代历史上的三级中央政府体制消亡了。“三公九卿”制度已经使用了约800年，在结构上影响了“三省六部”制度，控制了中国古代中央政府制度约700年。可以说，三公、九卿制度承袭了夏、商、周、隋、唐、宋、元，在中国历史上留下了浓墨重彩的一笔。
虽然“三公九卿”制度已经使用了近700年，但官职的名称和权利及其部分结构一直在发生变化。此外，体制外其他中央机构的出现也对“三公九大臣”体制产生了冲击。
