1. 需要大量消耗资源和能源，包括水、电、燃料等。
2. 发酵床不易管理，需要定期清理、调节通风、保持温度、湿度等。
3. 生产效率不高，因为酵素的生产和释放需要一定的时间，而且产量比较低。
4. 床层易产生异味和细菌滋生，需要不断加入清洁剂、药物等进行消毒治理。
5. 预防和控制床层中的疾病、虫害和灾害比较困难，容易引发病虫害大面积的传播，造成生产损失。
6. 根据不同的床层配置及酵素生产物的不同，由于能量的消耗促进沼气的生成，但床层中所含的浓度，质量等无法得到有效的保证。
